O período da inquisição foi um marco histórico na Europa, especialmente em Portugal e Espanha, onde milhares de judeus foram perseguidos por séculos. Ela foi resultado de um processo histórico que culminou com a reconquista da Península Ibérica em face dos mouros (muçulmanos originados do Norte da África) pelos reinos católicos, que após a reconquista iniciaram a perseguição dos muçulmanos e em extensão dos judeus habitantes na região, acusados como responsáveis pelas crises de fome e de peste que acometiam a população da época. O antissemitismo começava a demonstrar uma nova versão de suas facetas, o que resultou na morte de um incontável número de judeus que não resistiu aos ataques e à opressão. Dos que sobreviveram, dois foram os possíveis caminhos. Uma pequena minoria conseguiu fugir da Península Ibérica em direção a locais em que já havia comunidades judaicas, como no antigo Império Otomano, no Norte da África ou em cidades mais tolerantes da Europa, lá se estabelecendo e vivendo por gerações. Aos que ficaram nos países ibéricos com vida, só restou a conversão forçada.
Esses judeus forçados à conversão e ao abandono das práticas judaicas de forma coercitiva foram designados de cristãos-novos ou bnei anussim, recebendo, inclusive, novos sobrenomes. Entre eles, muitos continuaram práticas judaicas em segredo (criptojudeus) o que acabou sendo perdido durante o passar das gerações, apesar de alguns hábitos remetentes às antigas tradições judaicas poderem ser observados até os dias de hoje, mesmo que nem sempre a conexão com o judaísmo propriamente seja consciente. A continuação da prática da religião judaica e de seus costumes era continuamente dificultada e punida pelo Tribunal do Santo Ofício, órgão da inquisição criado para analisar e reprimir os casos de criptojudaísmo. Os cristãos-novos que realmente fizeram a conversão e abandonaram a religião judaica também viveram sobre desconfianças por gerações, uma vez que sempre sofriam denúncias de seu possível criptojudaismo, sendo até mesmo acusados apenas porque mantinham certas tradições judaicas, embora nem sequer soubessem a origem desses rituais, como o costume de fazer pão sempre às sextas-feiras.
Muitos cristãos-novos se mudaram para as recém ocupadas colônias da América do Sul, principalmente para o território brasileiro. Essa migração é um dos fatores pelo qual hoje em dia boa parte da população do Brasil tem origem de cristãos-novos, inclusive com sobrenomes típicos da conversão, tais como Medeiros e Oliveira. Todavia, no Brasil a primeira experiência de livre prática do judaísmo se deu apenas em meados do século XVII, com a ocupação dos holandeses no território em que hoje se localiza o Estado de Pernambuco, destacando-se no comércio de açúcar da região e dando origem à primeira sinagoga da América do Sul em Recife. A liberdade para a prática do judaísmo na Colônia só foi garantida na Constituição do Império do Brasil, 12 anos depois da quebra da intolerância religiosa pelo tratado comercial de 1810, assinado entre Portugal e Inglaterra. Nesse tratado, foi permitida a liberdade de culto dos protestantes, súditos da Coroa Inglesa, que passariam a frequentar os mercados do Reino.
Em 2015, séculos após o fim da perseguição dos judeus em território ibérico, Portugal sancionou uma lei que permite a concessão da cidadania para judeus sefaradis e descendentes de judeus sefaradis, isto é, para descendentes de judeus fugidos de Portugal e Espanha durante a inquisição, bem como para descendentes de judeus forçadamente convertidos ao cristianismo no mesmo período. Referida lei possui reconhecível cunho de reparação histórica após séculos de opressão ibérica contra judeus, causando incontáveis prejuízos de vidas e de continuação da tradição judaica milenar. Para obter a cidadania portuguesa, é necessário comprovar o vínculo com seu ascendente judeu por meio da certificação da Comunidade Judaica de Portugal, dando origem a elaborados trabalhos genealógicos conectando pessoas nascidas nos séculos XX e XXI aos seus ascendentes judeus dos séculos XV e XVI.
